发酵过程能够有效去除有机物中的不良气味，这是因为发酵过程中微生物的代谢活动将有害气体和物质转化为无害的化合物或气体，从而减少了臭味的产生。具体来说，发酵过程中通过以下几种方式去除或减轻不良气味：
1. 氨气的转化
在有机肥的制作过程中，特别是使用动物粪便时，氨气（NH₃）常常是臭味的主要来源。在发酵过程中，微生物会将氨气转化为有机氮化合物，或者与其他物质结合，减少氨的释放，从而显著减轻气味。
2. 有机物分解
发酵过程中，微生物会分解有机物中的蛋白质、脂肪、糖分等复杂化合物，产生较为稳定的、有益的腐殖酸、氨基酸等物质。
3. 有害物质的转化
通过适当的发酵条件，微生物可以将硫化氢等具有刺激性气味的物质转化为其他无臭或低臭的化合物，进一步减少不良气味。
4. 提高堆肥的温度
在堆肥发酵过程中，适当的温度升高可以促进微生物的活性，加速有机物的降解。这种高温发酵不仅有助于分解有机物，还能杀死可能带来异味的病菌和有害微生物，同时通过温度的提高减少臭味的释放。
5. 堆肥的通气性
在堆肥通气条件良好的情况下，有氧微生物能够有效分解有机废料，避免厌氧条件下可能产生的臭气。合理的通气和翻动能使发酵过程中的气味大大减少。
通过发酵，尤其是在控制温度、湿度、氧气和原料的适当配比下，微生物的活性被充分激发，能够有效分解有机废料中的有害气体和臭味物质。最终，经过发酵的有机肥不仅更具营养价值，还能大大减少恶臭，变得更加适合施用到土壤中，既有利于植物生长，又不会污染环境。
