首先要考虑粉碎的是什么物料，如果是水分大的秸秆，将畜禽粪便与秸秆、锯末屑、蘑菇渣等按适当比例（粪便占80-90%，其他占10-20%）混合。1吨物料(鲜料约2.5吨)加1公斤肥料发酵剂，按1公斤肥料发酵剂加5公斤米糠（或麸皮、玉米粉等替代物）稀释后再均匀撒入物料堆，混拌发酵即可。注意，用米糠最好不用“统糠”，新鲜米糠的营养及通气性远优于陈旧米糠。
发酵过程注意适当供氧与翻堆，温度控制在55-65℃，温度太高对养分有影响。发酵物料的水分应控制在60～65%。过高过低均不利于发酵,水过少,发酵慢；水过多会导致通气差、升温慢，并产生臭味。
调整物料水分方法：水分过高可添加秸秆、锯末屑、蘑菇渣、干泥土粉等。水分合适与否判断办法：手紧抓一把物料，指缝见水印但不滴水，落地即散。
整个发酵过程一般5-7天后即可完成物料的彻底脱臭、发酵腐熟、杀虫灭菌等。成品有机肥为蓬松状、呈黑褐色，略带酒香味或泥土味，营养丰富，施入农田更安全方便，用于瓜果蔬菜、经济作物、苗木花卉营养土，价值增值更高虽然有些物料堵塞是因为秸秆粉碎机设计上的问题，但是更多的原因是因为操作不当引起的。
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